יש להחליט על טיפול רק לאחר הכרת המטופלת ותלונותיה, בדיקתה ולאחר הגעה לאבחנה מדויקת.
ניתן לטפל בנשים הסובלות מכאבים קלים בלבד, בעיקר בזמן הווסת, אשר אינן מעוניינות בפריון במשככי כאבים ובגלולות. נשים הסובלות מכאבים עזים ולא מעוניינות בהריון כעת ניתן לטפל בטיפול הורמונלי. נשים הסובלות מאי פריון ממושך והמעוניינות בהריון תטופלנה על פי הממצאים בלפרוסקופיה אשר במהלכה תוגדר חומרת המחלה, מידת הפגיעה בחצוצרות מיקום המוקדים נוכחות ציסטות שחלתיות ועוד. במהלך הניתוח יופרדו כל ההידבקויות יעשה ניסיון לשיקום החצוצרות יוסרו הציסטות ויוסרו או יצרבו כל מוקדי האנדומטריוזיס.