הניתוח הלפרוסקופי נחשב היום כטיפול הבחירה בטיפול הכירורגי באנדומטריוזיס. גם בעת אנדומטריוזיס בדרגת חומרה מתקדמת. היתרון בלפרוסקופיה למנתח היא האפשרות לזהות גם מוקדים קטנים לסקור את כל האגן והבטן העליונה בנוסף ליתרונות הרבים למטופלת.
הלפרוסקופיה מאפשרת אבחנה מדויקת, שיפור בתסמינים אשר לא הגיבו לטיפול תרופתי ושיפור ביכולת להרות.